- Институт травматологиив состав входят ожоговое отделение для взрослых, детское ожоговое отделение, отделения травматологии и ортопедии, нейрохирургическое, гнойное отделение травматологии и ортопедии, отделение медицинской реабилитации пациентов с нарушением функции центральной нервной системы, функциональной диагностики, рентгенологии, консультативно-диагностическое отделение №1, приёмно-консультативное, гравитационной хирургии и гемодиализа, патологической анатомии с консервацией тканей, лаборатория аддитивных технологий, лабораторный сектор, отделение экспериментальной медицины с виварием, лаборатория медицинской биофизики
- Институт педиатрииорганизован на базе бывшего НИИ детской гастроэнтерологии. В состав входят педиатрическое отделение, отделение гастроэнтерологии и нарушений обмена веществ, консультативно-диагностическое отделение с лучевой диагностикой и дневным стационаром, палата анестезиологии-реанимации, а также неврологическое отделение, занимающееся восстановительным лечением детей с ДЦП, ранней помощью детям с перинатальной патологией, задержкой психо-моторного развития, и центр ментального здоровья, центр диагностики и лечения опухолей кожи
- Институт реабилитацииотделение медицинской реабилитации пациентов с заболеваниями центральной нервной системы и органов чувств, отделение медицинской реабилитации для пациентов с заболеваниями опорно-двигательного аппарата и периферической нервной системы
- Институт стоматологиитерапевтическое отделение, ортопедическое отделение, хирургическое отделение с операционной и дневным стационаром, централизованная стерилизационная, рентгенологический кабинет, зуботехническая лаборатория