в состав входят ожоговый центр, отделения анестезиологии-реанимации, детской ортопедии, взрослой ортопедии, травматолого-ортопедическое, гнойной хирургии, нейрохирургическое, микрохирургическое, реконструктивно-пластической хирургии и восстановительного лечения, функциональной диагностики, рентгенологии, консультативно-реабилитационное, приёмно-консультативное, гравитационной хирургии и гемодиализа, патологической анатомии с консервацией тканей, группа артроскопии, кабинет сердечно-сосудистой хирургии и флебологии, лаборатория аддитивных технологий, лабораторный сектор, отделение экспериментальной медицины с виварием, лаборатория медицинской биофизики, центр пластической хирургии, центр ботулинотерапии, центр диагностики и лечения опухолей кожи, межрегиональный эндокринологический центр
организован на базе бывшего НИИ детской гастроэнтерологии. В состав входят педиатрическое отделение, отделение гастроэнтерологии и нарушений обмена веществ, консультативно-диагностическое отделение с лучевой диагностикой и дневным стационаром, палата анестезиологии-реанимации, а также неврологическое отделение, занимающееся восстановительным лечением детей с ДЦП, ранней помощью детям с перинатальной патологией, задержкой психо-моторного развития, и центр длительной реабилитации детей «Добрый сад»